在昭和23年的东京，这是一个充满着战后重建与神秘事件的故事。日下部栞奈，一名新制高中的二年级学生，在这动荡的时期遇见了国语新任讲师——中禅寺秋彦。中禅寺老师，一个外表冷漠却拥有深邃知识的人，他不仅是古籍的守护者，更是解开怪异现象的专家。

在栞奈的周围，一系列与怪异相关的离奇事件不断上演，从诡异的消失到不可解释的现象，每一件都像是来自另一个世界的谜题。每当栞奈被这些事件所困扰时，她都会向中禅寺老师寻求帮助。在学校的图书准备室里，中禅寺老师用他那独特的知识体系和推理能力，逐一解开这些谜团。

《中禅寺老师的灵怪讲义实录老师会把谜题全都解开的。》讲述的是在战后的混乱与重建中，如何通过智慧与勇气，揭开隐藏在日常中的神秘面纱。这不仅是一部悬疑解谜的故事，更是一段关于成长、信任和理解的旅程。